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菌落總數是判定水質被細菌污染程度的重要指標之一，平皿計數法是早期傳統的水中菌落總數標準檢測方法，其應用研究也比較多這種方法實驗步驟較為繁瑣，對操作人員的水平要求比較高，不適用于應急快速檢測，無法對水的衛生狀況做出快速評價。所以酶底物法就彌補了傳統的平皿計數法的缺陷。利用程控定量封口機快速檢測出來。

酶底物法是近些年來新興的水中菌落總數檢測方法，操作簡便，結果易判斷，適用于快速檢測。但不少用戶對此種方法存疑，不知道這種方法出來的檢測結果是否科學準，

酶底物法快速檢測水中菌落總數的檢測結果與平皿計數法無統計學意義上的差別，是科學的、有效的、可以用作評價水質微生物污染的標準依據。酶底物法操作簡單，結果判讀容易、無需稀釋即可檢測738個/1mL水樣，不僅適用于水源水、飲用水的檢測，還適用于應急檢測和污水檢測，易于推廣，可以較好的彌補傳統方法的不足。