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酶底物法測定水中總大腸菌群是一種便捷的方法，很多人存在質疑認為數據可能會受到影響，而結果表明酶底物法測定水中總大腸菌群的精確性是非常高的。

在對酶底物法(51孔定量盤法)測定水中總大腸菌群和大腸埃希氏菌過程中的環境因素、培養溫度、培養時間和培養方式等因素對檢測結果的影響進行了研究。結果表明,溫度和培養時間對檢測結果有顯著影響,而環境因素和培養方式對檢測結果的影響不明顯;

總大腸菌群和大腸埃希氏菌的培養溫度需控制在35~37℃,檢測培養時間分別控制在22~28、24~28 h條件下可獲得結果;此方法與傳統的濾膜法比較,檢測結果無顯著性差異。